臺灣研究院院徽整體設計風格與廈門大學?；毡３忠恢?，色調為深藍色。
院徽主體是由大寫英文字母“TW”構成的“翻開的書本”，契合本院從事臺灣研究、教書育人的內涵。
書頁圖案為大陸和臺灣的輪廓，意為“兩岸一家”，中間的圓點即為本院所在地廈門。
“GIfTS”為本院英文名稱的縮寫；外圈為本院院名的中英文表述。
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